解:$(1)$设$y$与$x$之间的函数关系式为$y=kx+b(k ≠0)$
将$(2$,$100)$,$(5$,$160)$代入$y=kx+b$
得$\begin {cases}{2k+b=100}\\{5k+b=160}\end {cases}$,解得$\begin {cases}{k=20}\\{b=60}\end {cases}$
∴$y$与$x$之间的函数关系式为$y=20x+60(0<x<20)$
$(3)$根据题意,得$(60-x-40)(20x+60)=2400$
整理,得$x²-17x+60=0$
解得$x_{1}=5$,$x_{2}=12$
∵要让顾客获得更大实惠
∴$x=12$
答:这种菠萝蜜每千克应降价$12$元