解:$(1)$连接$OD$
设$⊙O$的半径为$r$
∵$AB⊥CD$
∴$∠OED=90°$,
$DE=CE=\frac {1}{2}CD=4$
在$Rt△ODE$中,$OE=r-2$,
$OD=r$,$DE=4$
∴$(r-2)²+4²=r^2$,解得$r=5$
∴$⊙O$的半径为$5$
$(2)$∵$CE=4$,$BE=AB-AE=8$
∴在$Rt△BCE$中,$BC= \sqrt {4²+8²}=4\sqrt 5$
∵$OF⊥BC$
∴$BF=CF=\frac {1}{2}BC=2\sqrt {5}$,$∠OFB=90°$
在$Rt△OBF $中,
$OF= \sqrt {OB²-BF²}=\sqrt {5}$
∴$OF $的长为$\sqrt {5}$