$解:(1)设参加此次研学活动的师生人数是x,原计划租用y辆甲座客车$
$由题意得\begin{cases}{45y+15=x}\\{60(y-3)=x}\end{cases},解得\begin{cases}{x=600}\\{y=13}\end{cases}$
$答:参加此次研学活动的师生人数是600,原计划租用13辆甲座客车。$
$(2)因为要使每名师生都有座位,$
$所以若租用甲座客车,则需要13+1=14(辆)$
$此时租金为200×14=2800(元)$
$若租用乙座客车,则需要13-3=10(辆)$
$此时租金为300×10=3000(元)$
$∵2800<3000$
$∴租用14辆甲座客车更合算$