解:$(1)$当$m=3$时,由平移的性质,得$BE=m=3,$
$ EF=4,$
所以$BF=BE+EF=7。$
$ (2)$若$C,E$是线段$BF $的三等分点,分以下两种情况讨论:
$ ① $当点$E$在点$C$的左侧时,
$ $因为$C,E$是线段$BF $的三等分点,
所以$BE=EC=CF。$
由平移的性质,得$BE=m,$$EF=BC=4,$
$ $所以$EF=EC+CF=2m=4,$解得$m=2。$
$ ② $当点$E$在点$C$的右侧时,
$ $因为$C,E$是线段$BF $的三等分点,
所以$BC=CE=EF=4。$
由平移的性质,得$BE=m,$
$ $所以$m=BC+CE=8。$
综上所述,$m=2$或$8。$
