证明:$(1)$∵四边形$ABCD$是正方形,
∴$AB=BC$,$∠ ABC=∠ C=90°.$
∵$AE⊥ BF$,
∴$∠ AMB=90°$,
∴$∠ BAM+∠ ABM=∠ CBF+∠ ABM=90°$,
∴$∠ BAM=∠ CBF$,
∴$△ ABE≌△ BCF(\mathrm {ASA})$,
∴$AE=BF.$
$ (2)$相等$. $证明:
如答图①,过点$A$作$AP// GE$交$BC$于点$P$,
则得平行四边形$APEG$,从而$AP=GE.$
∵$GE⊥ BF$,
∴$AP⊥ BF.$
$ $由$(1)$知$AP=BF$,
∴$GE=BF.$
$ (3) $如答图$②$,过点$G_{作}GE_1⊥ BF_{交}BC$于点$E_1$,
过点$G_{作}GH⊥ BC$于点$H$,
$ $由$ (1)(2)$可知$△ GHE_1≌△ BCF$,
∴$HE_1=CF.$
∵正方形$ABCD$的边长为$6$,点$G $为$AD$的中点,
点$F $为$CD$上一点,$DF=2CF$,
∴$AG=DG=BH=CH=3$,$CF=2$,
∴$HE_1=CF=2.$
∴$BE_1=BH+HE_1=3+2=5.$
根据轴对称性,当$GE_2$与$GE_1$关于$GH$对称时,
也有$GE_2=BF$,此时$BE_2=BH-HE_2=3-2=1.$
综上,符合条件的$BE$的长为$1$或$5.$
