解:
$ (1)$当$a+b=13,$$ab=36$时,
$ (a-b)^2=a^2-2ab+b^2$
$=(a+b)^2-4ab$
$=13^2-4×36$
$=169-144$
$=25。$
$ (2)$因为$a^2+ab=8,$$b^2+ab=1,$
所以$a^2+2ab+b^2=9,$
即$(a+b)^2=9,$
所以$a+b=\pm 3。$
$ $因为$a^2+ab=8,$$b^2+ab=1,$
即$a(a+b)=8,$$b(a+b)=1。$
$ $当$a+b=3$时,$3a=8,$$3b=1,$
所以$a=\frac {8}{3},$$b=\frac {1}{3};$
$ $当$a+b=-3$时,$-3a=8,$$-3b=1,$
所以$a=-\frac {8}{3},$$b=-\frac {1}{3}。$
综上所述,$a=\frac {8}{3},$$b=\frac {1}{3}$或$a=-\frac {8}{3},$$b=-\frac {1}{3}。$