解:
(1) $\because$ 反比例函数$y=\frac{k_1}{x}$的图象过点$B(-6,1),$
$\therefore k_1=-6×1=-6。$
$\therefore$ 反比例函数的解析式为$y=-\frac{6}{x}。$
把$A(a,6)$代入$y=-\frac{6}{x},$得$6=-\frac{6}{a},$解得$a=-1。$
$\therefore$ 点$A$的坐标为$(-1,6)。$
$\because$ 一次函数的图象经过$A(-1,6),B(-6,1)$两点,
$\therefore \begin{cases}-k_2+b=6,\\-6k_2+b=1,\end{cases}$ 解得$\begin{cases}k_2=1,\\b=7.\end{cases}$
$\therefore$ 一次函数的解析式为$y=x+7。$
(2) 不等式的解集为$-6≤ x≤-1。$
(3) 将$x=-4$代入$y=x+7,$得$y=-4+7=3,$$\therefore C(-4,3)。$
将$y=3$代入$y=-\frac{6}{x},$得$3=-\frac{6}{x},$解得$x=-2,$$\therefore D(-2,3)。$
过点$B,D$分别作$x$轴的垂线,垂足分别为$F,E。$
$\because B(-6,1),D(-2,3),$$\therefore DE=3,$$BF=1,$$EF=-2-(-6)=4。$
$\because S_{△ BOD}+S_{△ BFO}=S_{\mathrm{梯形}BFED}+S_{△ DEO},$$S_{△ BFO}=S_{△ DEO}=3,$
$\therefore S_{△ BOD}=S_{\mathrm{梯形}BFED}=\frac{1}{2}(DE+BF)· EF=\frac{1}{2}×(3+1)×4=8。$