【分析】
这道题的核心是利用细胞色素c的序列差异判断生物亲缘关系的进化生物学逻辑，解题时可以按以下思路推进：
1. 先明确题干前提：细胞色素c是生物界普遍存在的同源蛋白质，不同生物的该蛋白氨基酸序列存在差异。
2. 回忆对应规律：同源蛋白的序列相似度和亲缘关系直接关联，序列差异越小，说明生物的共同祖先距离现在越近，亲缘关系就越近，反之差异越大亲缘关系越远。
3. 逐个验证选项，判断每个选项是否符合该逻辑，排除不符合的错误选项，即可得到正确答案。
【解析】
我们逐个对选项进行分析：
选项A：所有生物都存在结构相似的细胞色素c，说明生物拥有共同的起源，不同生物的该蛋白差异程度不同，自然能说明不同生物之间存在或近或远的亲缘关系，A正确。
选项B：科研中常通过比对不同生物的细胞色素c和人的细胞色素c的氨基酸差异，来判断不同生物和人之间的亲缘关系远近，差异越小则亲缘关系越近，B正确。
选项C：题干明确限定讨论的是“不同生物的细胞色素c之间的差异”，并非指向同种生物不同个体，且同种生物不同个体的细胞色素c几乎没有差异，无法用来判断同种个体的亲缘远近，C错误。
选项D：细胞色素c的氨基酸序列差异越大，说明该蛋白从共同祖先的蛋白开始分化的时间就越早，对应的两个物种的亲缘关系往往就越远，D正确。
综上，正确选项为ABD。
【答案】
ABD
【知识点】
生物进化分子证据，亲缘关系判定
【点评】
本题考察分子生物学证据在生物进化亲缘关系判断中的应用，易错点是误选C选项，需要注意题干限定的是不同生物之间的差异，细胞色素c比对法的适用场景是跨物种的亲缘关系判定，不适用于区分同种生物不同个体的亲缘远近，解题时要准确理解该方法的核心逻辑和适用范围。
【难度系数】
0.7