$(1)证明:由翻折的性质,$
$可知∠A=∠DGE,∠C=∠DGF,AD=DG,DC=DG,$
$∴AD=DC.$
$∵∠A=∠B=90°,$
$∴∠C=∠DGE=∠DGF=90°.$
$∴四边形ABCD是矩形.$
$又∵AD=DC,$
$∴矩形ABCD是正方形.$
$(2)解:设AE=x, ∵F是BC的中点,AB=6=BC,$
$∴BF=CF=3.$
$由翻折可知AE=EG=x,CF=GF=3,$
$∴BE=6-x,EF=x+3.$
$在\mathrm{Rt}△BEF中,∠B=90°,$
$∴EF^2=BE^2+BF^2.$
$∴(x+3)^2=(6-x)^2+3^2,解得x=2.$
$∴AE=2.$