$解:(3)∵点C在x轴上$
$∴∠BAC≠90°$
$∴当△ABC是直角三角形时,需分∠ACB=90°$
$和∠ABC=90°两种情况(如图)$
$①当∠ACB=90°时,点C在图中C_{1}的位置$
$∵点A和点C_{1}均在x轴上$
$∴BC_{1}⊥x轴$
$∵B(1,3)$
$∴C_{1}(1,0)$
$②当∠ABC=90°时,点C在图中C_{2}的位置$
$设C_{2}(m,0)(m>0)$
$∵A(-3,0),B(1,3),C_{1}(1,0)$
$∴AC_{1}=4,BC_{1}=3,C_{1}C_{2}=m-1,$
$AC_{2}=m+3$
$∴AB=\sqrt {AC_{1}^2+BC_{1}^2}= \sqrt{4²+3²}=5$
$在Rt△ABC_{2}中,AC_{2}²-AB²=BC_{2}²$
$在Rt△BC_{1}C_{2}中,BC_{1}²+C_{1}C_{2}²=BC_{2}²$
$∴AC_{2}²-AB²=BC_{1}²+C_{1}C_{2}²$
$即(m+3)²-5²=3²+(m-1)²$
$解得m=\frac{13}{4}$
$∴C_{2}(\frac{13}{4},0)$
$综上可知,在x轴上存在点C,使得△ABC是直角$
$三角形,点C的坐标为(1,0)或(\frac{13}{4},0)$