解:$(2)②$∵$∠COD=∠BOC-∠BOD$,
$∠COD+∠COE=90°$
∴$∠BOC-∠BOD+∠COE=90°$
∴$∠COE-∠BOD=90°-∠BOC$
∵$∠BOC=40°$
∴$∠COE-∠BOD=90°-40°=50°$
即$∠BOD$与$∠COE$的数量关系为$∠COE-∠BOD=50°$
$(3)①$当$∠COD$在$∠BOC$的内部时,如图①
∵$∠COD=∠BOC-∠BOD$,而$∠BOC=40°$
∴$∠COD=40°-∠BOD$
∵$∠AOE+∠EOD+∠BOD=180°$,$∠EOD=90°$
∴$∠AOE=90°-∠BOD$
又∵$∠COD=\frac {1}{3}∠AOE$
∴$40°-∠BOD=\frac {1}{3}(90°-∠BOD)$
解得$∠BOD=15°$
$ ②$当$∠COD$在$∠BOC$的外部时,如图②
∵$∠COD=∠BOD-∠BOC$,而$∠BOC=40°$
∴$∠COD=∠BOD-40°$
∵$∠AOE+∠EOD+∠BOD=180°$,$∠EOD=90°$
∴$∠AOE=90°-∠BOD$
又∵$∠COD=\frac {1}{3}∠AOE$
∴$∠BOD-40°=\frac {1}{3}(90°-∠BOD)$
解得$∠BOD=52.5°$
综上所述,$∠BOD$的度数为$15°$或$52.5°$