解:$(1)$∵直线$l_{1}∶y=k_{1}x+b(k_{1}≠0)$经过点$A(4,$$0),$$ B(0,$$2)$
∴$\begin {cases}{b=2}\\{0=4k_{1}+b}\end {cases},$解得$\begin {cases}{k_{1}=-\frac 12}\\{b=2}\end {cases}$
∴直线$l_{1}$对应的函数表达式为$y=−\frac 12x+2$
∵直线$l_{1}$经过点$P(a,$$1),$∴$1=−\frac 12a+2,$解得$a=2,$∴$P(2,$$1)$
∵直线$l_{2}∶y=k_{2}x(k_{2}≠0)$也经过点$P(2,$$1)$
∴$1=2k_{2},$解得$k_{2}=\frac 12$
∴直线$l_{2}$对应的函数表达式为$y=\frac 12x$
$(3)$设点$C$的坐标为$(t,$$\frac 12\ \mathrm {t})$
∵$A(4,$$0),$$B(0,$$2),$∴$OA = 4,$$OB = 2$
$①$当$t>2,$即点$C$在$AB$上方时
$S_{\triangle ABC}=S_{\triangle OBC}+S_{\triangle OAC}-S_{\triangle OAB}=3$
$\frac 12×2\ \mathrm {t}+\frac 12×4×\frac 12\ \mathrm {t}-\frac 12×4×2 = 3,$解得$t = \frac 72$
此时点$C$的坐标为$(\frac 72,$$\frac 74)$
$②$当$t<2,$即点$C$在$AB$下方时,
∵$S_{\triangle OAB}=\frac 12×4×2 = 4>3$
$S_{\triangle ABC}=S_{\triangle OAB}-S_{\triangle OBC}-S_{\triangle OAC}=3$
$4-\frac 12×2\ \mathrm {t}-\frac 12×4×\frac 12\ \mathrm {t} = 3,$解得$t = \frac 12$
此时点$C$的坐标为$(\frac 12,$$\frac 14)$
综上所述,点$C$的坐标为$(\frac 72,$$\frac 74)$或$(\frac 12,$$\frac 14)$