(1)解:因为$\angle C = 90^{\circ},$$AB = 5\mathrm{cm},$$BC = 3\mathrm{cm},$由勾股定理得$AC=\sqrt{AB^{2}-BC^{2}}=\sqrt{5^{2}-3^{2}} = 4\mathrm{cm}。$
出发$6.5\mathrm{s}$后,点$P$运动的路程为$6.5\times1 = 6.5\mathrm{cm},$$AC + AP=6.5\mathrm{cm},$所以$AP=6.5 - 4 = 2.5\mathrm{cm},$$BP = AB - AP=5 - 2.5 = 2.5\mathrm{cm}。$
因为点$P$为$AB$中点,根据直角三角形斜边上的中线等于斜边的一半,所以$CP = BP = 2.5\mathrm{cm}。$
(2)解:因为$AC = 4\mathrm{cm},$动点$P$从点$C$开始按$C→A→B→C$的路径运动,且速度为每秒$1\mathrm{cm}。$
当点$P$在$AC$上运动时,$\triangle BCP$为直角三角形,此时$0\lt t\leqslant4。$
当点$P$在$AB$上,$CP\perp AB$时,$\triangle BCP$为直角三角形。
因为$\frac{1}{2}AB\cdot CP=\frac{1}{2}AC\cdot BC,$即$\frac{1}{2}\times5CP=\frac{1}{2}\times3\times4,$解得$CP=\frac{12}{5}\mathrm{cm}。$
由勾股定理得$AC^{2}=AP^{2}+PC^{2},$即$4^{2}=AP^{2}+(\frac{12}{5})^{2},$
$\begin{aligned}AP^{2}&=16-\frac{144}{25}\\AP^{2}&=\frac{400 - 144}{25}\\AP^{2}&=\frac{256}{25}\\AP&=\frac{16}{5}\mathrm{cm}\end{aligned}$
$AC + AP=4+\frac{16}{5}=\frac{20 + 16}{5}=\frac{36}{5}\mathrm{cm},$$t=\frac{36}{5}\div1=\frac{36}{5}。$
综上所述,当$0\lt t\leqslant4$或$t = \frac{36}{5}$时,$\triangle BCP$为直角三角形。