解: (1)若从$A$城运往$C$乡农机$x$台,则从$A$城运往$D$乡农机$(30 - x)$台,从$B$城运往$C$乡农机$(34 - x)$台,从$B$城运往$D$乡农机$[40 - (34 - x)]$台,$\therefore W = 250x + 200(30 - x)+150(34 - x)+240[40 - (34 - x)]=140x + 12540。$又$\because\begin{cases}x\geq0\\30 - x\geq0\\34 - x\geq0\\40 - (34 - x)\geq0\end{cases},$$\therefore0\leq x\leq30,$$\therefore W$关于$x$的函数表达式为$W = 140x + 12540(0\leq x\leq30,$且$x$为整数$)。$
(2)要使$W\geq16460,$即$140x + 12540\geq16460,$解得$x\geq28。$又$\because0\leq x\leq30,$$\therefore28\leq x\leq30,$且$x$为整数,$\therefore$有3种不同的调运方案:①当$x = 28$时,从$A$城运往$C$乡28台,运往$D$乡2台,从$B$城运往$C$乡6台,运往$D$乡34台;②当$x = 29$时,从$A$城运往$C$乡29台,运往$D$乡1台,从$B$城运往$C$乡5台,运往$D$乡35台;③当$x = 30$时,从$A$城运往$C$乡30台,运往$D$乡0台,从$B$城运往$C$乡4台,运往$D$乡36台。
(3)$\because$从$A$城运往$C$乡的农机的运费每台减免$a$元,$\therefore W = x(250 - a)+200(30 - x)+150(34 - x)+240[40 - (34 - x)]=(140 - a)x + 12540。$$\because a\leq200,$$\therefore$需对$a$进行讨论。①当$0<a<140,$即$140 - a>0$时,$W$随$x$的增大而增大,当$x = 0$时,$W$取最小值,此时的方案为从$A$城运往$C$乡0台,运往$D$乡30台,从$B$城运往$C$乡34台,运往$D$乡6台;②当$a = 140$时,$W = 12540$为定值,此时$x$只需满足$0\leq x\leq30,$且$x$为整数即可,共有31种不同的方案,每种方案总费用一样;③当$140<a\leq200,$即$140 - a<0$时,$W$随$x$的增大而减小,当$x = 30$时,$W$取最小值,此时的方案为从$A$城运往$C$乡30台,运往$D$乡0台,从$B$城运往$C$乡4台,运往$D$乡36台。