$ (1)$证明:∵四边形$ABCD$为正方形,
∴$∠ ABC=∠ BAD=∠ ADC=90°。$
由旋转的性质知,$AG=AF,$$∠ DAF=∠ BAG,$$∠ ABG=∠ ADF=90°。$
∴$∠ ABC+∠ ABG=180°,$
∴$G,B,E$三点共线。
∵$∠ EAF=45°,$
∴$∠ BAE+∠ DAF=45°,$
∴$∠ BAE+∠ BAG=45°,$即$∠ EAG=45°,$
∴$∠ EAG=∠ EAF。$
又∵$AE=AE,$
∴$△ AGE ≌ △ AFE。$
$(2)$解$:MN^2=ND^2+BM^2。$
理由:如图,将$△ ABM$绕点$A$按逆时针方向旋转$90°$得到$△ ADM',$连接$NM'。$
∵四边形$ABCD$为正方形,
∴易证$∠ ABD=∠ ADB=45°,$$∠ BAM+∠ EAD=90°。$
由旋转的性质知,$AM=AM',$$∠ ABM=∠ ADM'=45°,$$∠ BAM=∠ DAM',$$BM=DM',$
∴$∠ NDM'=90°,$$∠ DAM'+∠ EAD=90°,$即$∠ EAM'=90°,$
∴在$Rt△ NDM'$中,$M'N^2=ND^2+DM'^2。$
∵$∠ EAM'=90°,$$∠ EAF=45°,$
∴$∠ MAN=∠ M'AN=45°。$
又∵$AN=AN,$
∴$△ AMN ≌ △ AM'N,$
∴$MN=M'N。$
又∵$BM=DM',$
∴$MN^2=ND^2+BM^2。$