解:
(1) 在$y=x+3$中,令$y=0$得$x=-3,$即$B(-3,0),$
把$x=1$代入$y=x+3$得$y=4,$即$C(1,4)。$
设直线$l_2$的解析式为$y=kx+b,$将$A(3,0),$$C(1,4)$代入得:
$\begin{cases}3k+b=0\\k+b=4\end{cases},$解得$\begin{cases}k=-2\\b=6\end{cases},$
所以直线$l_2$的解析式为$y=-2x+6。$
(2) $AB=3-(-3)=6,$设$M(a,a+3),$则$N(a,-2a+6),$
$MN=|a+3-(-2a+6)|=|3a-3|,$
由$|3a-3|=6,$解得$a=3$或$a=-1,$
所以$M(3,6)$或$(-1,2)。$