解:
(1)设捐款40元的学生有$x$人,捐款50元的学生有$y$人.
根据题意,得
$\begin{cases}x + y = 50 - 3 - 6 - 11 - 6\\40x + 50y = 50×38 - (10×3 + 15×6 + 30×11 + 60×6)\end{cases}$
化简得
$\begin{cases}x + y = 24\\40x + 50y = 1090\end{cases}$
解得$\begin{cases}x = 11\\y = 13\end{cases}$
答:捐款40元的学生有11人,捐款50元的学生有13人.
(2)将50个捐款金额从小到大排列,第25、26个数据分别是40、40,
所以中位数为$\frac{40 + 40}{2}=40$(元)
答:该班捐款金额的中位数是40元。