$ (1)$证明:∵$∠ BAE=180°-∠ B-∠ AEB,$
$∠ EFC=180°-∠ C-∠ CEF,$$∠ B=∠ C,$$∠ AEB=∠ CEF,$
∴$∠ BAE=∠ EFC.$
∵$AE$平分$∠ BAD,$
∴$∠ BAE=∠ DAE.$
∴$∠ EFC=∠ DAE.$
∵$∠ EFC+∠ EFD=180°,$
∴$∠ DAE+∠ EFD=180°.$
∴$∠ AEF+∠ D=360°-(∠ DAE+∠ EFD)=180°.$
∵$∠ D=90°,$
∴$∠ AEF=90°.$
∴$EF⊥ AE$
$ (2)(1)$中的结论仍然成立
理由:如图,∵$∠ 1=∠ ABC-∠ AEB,$
$∠ F=∠ BCD-∠ CEF,$$∠ ABC=∠ BCD,$$∠ AEB=∠ CEF,$
∴$∠ 1=∠ F.$
∵$AE$平分$∠ BAD$的邻补角,
∴$∠ 1=∠ 2.$
∴$∠ F=∠ 2.$
∵$∠ 2+∠ EAD=180°,$
∴$∠ F+∠ EAD=180°.$
∴$∠ AEF+∠ D=360°-(∠ F+∠ EAD)=180°.$
∵$∠ D=90°,$
∴$∠ AEF=90°.$
∴$EF⊥ AE.$