证明:$(1) $连接$AC$交$BD$于点$O$。
$ $在$□ ABCD$中,$OA=OC$,$OB=OD$。
∵$BE=DF$,
∴$OB-BE=OD-DF$,即$OE=OF$,
∴四边形$AECF $是平行四边形。
$ (2) $∵在$□ ABCD$中,$AB=AD$,
∴$□ ABCD$是菱形,
∴$AC⊥ BD$,即$AC⊥ EF$,
∴平行四边形$AECF $是菱形。
$ (3) $在$ (2)$的条件下,$∠ AOB=90°$。
∵$AB:BE:AO=5:1:3$,设$AB=5k$,则$AO=3k$,$BE=k$,
$ $由勾股定理得$BO=\sqrt {AB^2-AO^2}=4k$,
∴$EO=BO-BE=4k-k=3k$,
∴$AO=EO$,
∴$∠ OAE=∠ OEA=45°$,同理$∠ OAF=∠ OFA=45°$,
∴$∠ EAF=∠ OAE+∠ OAF=90°$。
又∵四边形$AECF $是菱形,
∴四边形$AECF $为正方形。