解:$(1) $设$2$月、$3$月生产收入的月增长率为$x$。
$ $由题意得$100+100(1+x)+100(1+x)^2=364$,
$ $整理得$x^2+3x-0.64=0$,
$ $解得$x_1=0.2=20\%$,$x_2=-3.2($不符合题意,舍去)。
$ $故$2$月、$3$月生产收入的月增长率是$20\%$。
$ (2) 3$月的生产收入为$100×(1+20\%)^2=144$万元,
设使用新设备$y$个月后,该厂所得累计利润不低于使用旧设备的累计利润。
$ $由题意得$364+144(y-3)-640≥(90-5)y$,
$ $化简得$59y≥708$,
解得$y≥12$。
$ $故使用新设备$12$个月后,该厂所得累计利润不低于使用旧设备的累计利润。