解:$(1) $设$y$关于$x$的函数表达式为$y=kx+b$。
由题意,得
$ \begin {cases}68k+b=40\\67k+b=45\end {cases}$
$ $解得$\begin {cases}k=-5\\b =380\end {cases}$
$ $故$y$关于$x$的函数表达式为$y=-5x+380$。
$ (2) $由题意,得$(x-40)(-5x+380)=1600$
$ $整理得$x^2-116x+3360=0$,
$ $解得$x_1=56$,$x_2=60$。
因为要使顾客尽可能多地获得实惠,
所以$x=56$。
答:每箱水蜜桃的售价是$56$元。
$ (3) $在$(2)$的条件下,
当$x=56$时,$y=-5×56+380=100$。
由题意,得
$ 1600×16=[56×(1-m\%)-40×(1-10\%)]$
$×100×(1+2m\%)×(31-16)+7120$
$ $整理得$7\ \mathrm {m^2}+100m-4800=0$,
$ $解得$m_1=20$,$m_2=-\frac {240}{7}($不合题意,舍去)。
$ $故$m $的值为$20$。