解:$(1)$因为$∠BOC$与$∠BOD$互为余角,
所以$∠BOC+∠BOD=90°$。
设$∠BOD=x$,则$∠BOC=2x$,可得$2x+x=90°$,
解得$x=30°$,
所以$∠BOC=2×30°=60°$。
$(2)$因为$∠AOC$与$∠BOC$互为补角,$∠BOC=60°$,
所以$∠AOC=180°-60°=120°$。
由$(1)$知$∠BOD=30°$,
所以$∠COD=∠BOC+∠BOD=60°+30°=90°$。
情况一:$OE$在$∠COD$内部
设$∠COE=y$,则$∠DOE=3y$,
因为$∠COD=90°$,
所以$y+3y=90°$,解得$y=22.5°$。
$∠BOE=∠BOC-∠COE=60°-22.5°=37.5°$。
情况二:$OE$在$∠AOC$内部
设$∠COE=z$,则$∠DOE=3z$,
因为$∠COD=90°$,
所以$∠DOE-∠COE=∠COD$,
即$3z-z=90°$,解得$z=45°$。
$∠BOE=∠BOC+∠COE=60°+45°=105°$。
综上,$∠BOE$的度数为$37.5°$或$105°$。