$解:∵四边形OABC为矩形,$
$∴OA//BC,AB//OC,OA=BC,AB=OC,$
$∠AOC=∠OAB=∠OCB=∠ABC=90°. $
$∵A(0,3),C(4,0),$
$∴AO=BC=3,OC=AB=4.$
$由旋转可知四边形CDEF为矩形且DE=OA=3,$
$DC=OC=4. $
$如图,连接CE,$
$则在\mathrm{Rt}△CDE中,$
$CE=\sqrt {CD^2+DE^2}=\sqrt{4^2+3^2}=5,$
$过点B作BG⊥EF交EF于点H,且使BG=CF,$
$连接BE,GF,GE,则∠BHE=∠CFE=90°,$
$∴BG//CF.$
$又∵CF//DE,CF=DE,$
$∴BG=CF,BG=DE,BG//CF,BG//DE.$
$∴四边形CBGF和四边形DBGE均为平行四边形.$
$∴BC=FG,BD=EG.$
$∵BG⊥EF于点H,$
$∴∠BHF=∠FHG=∠GHE=∠BHE=90°.$
$∴BF^2=BH^2+HF^2,$
$BD^2=EG^2=HE^2+HG^2. $
$∴BF^2+BD^2=BH^2+HF^2+HE^2+HG^2. $
$又∵BE^2=BH^2+HE^2,$
$BC^2=GF^2=HF^2+HG^2,$
$∴BE^2+BC^2=BH^2+HE^2+HF^2+HG^2, $
$∴BF^2+BD^2=BE^2+BC^2.$
$∴BF^2+BD^2-BC^2=BE^2. $
$∴当BE最小时,BF^2+BD^2-BC^2才最小, $
$当C,B,E三点不共线时,$
$在△CBE中,BE>CE-CB; $
$当C,B,E三点共线时(点E在CB的延长线上),$
$BE=CE-CB.$
$综上所述BE≥CE-CB=5-3=2,即BE≥2,$
$∴BE的最小值为2, $
$∴BF^2+BD^2-BC^2的最小值为4. $