解:$(1) $设直角三角形的两条直角边的长分别为$a,$$b(a>b)$
由题意,得$\begin {cases}a + b = 5\\a ^2+b^2=13\end {cases}$
∵$(a + b)^2=25=a^2+b^2+2ab$
把$a^2+b^2=13$代入可得$13 + 2ab = 25$
解得$ab = 6$
又∵$(a - b)^2=(a + b)^2-4ab=25 - 4×6 = 1$
∴中间小正方形的面积为$(a - b)^2=1$
$(2) $如图所示$($画分割线不唯一$)$