解$:(1)$∵抛物线$y=(x-a)²$的对称轴为直线$x=-1$
∴$a=1$
$(2)y_{1}>y_{2},$理由$:$
由$(1),$可知$y=(x-1)².$
∵抛物线的开口向上,
∴当$x>1$时,$y$随$x$的增大而增大$;$当$x<1$时,$y$随$x$的增大而减小$.$
∵$ -1<x_{1}<0,1<x_{2}<2,$
∴$ 1<y_{1}<4,0<y_{2}<1.$
∴$y_{1}>y_{2}.$