解:设这个等腰三角形为$\triangle ABC,$且$AB=AC.$
分两种情况讨论:
$①$当$AB=AC=6$时,$BC=16-6×2=4.$
过点$A$作$AD\perp BC$于点$D.$
∴$BD=\frac {1}{2}BC=2,$$∠ADB=90°.$
∴在$\text{Rt}\triangle ABD$中,$\cos B=\frac {BD}{AB}=\frac {2}{6}=\frac {1}{3}.$
$②$当$BC=6$时,$AB=AC=\frac {1}{2}×(16-6)=5.$
过点$A$作$AD\perp BC$于点$D.$
∴$BD=\frac {1}{2}BC=3,$$∠ADB=90°.$
∴在$\text{Rt}\triangle ABD$中,$\cos B=\frac {BD}{AB}=\frac {3}{5}.$
综上所述,底角的余弦值为$\frac {1}{3}$或$\frac {3}{5}.$