解:$(1) $将点$(-2,-3)$和$(1,6)$代入$y=ax^2+c,$
得$ \begin {cases} -3=4a+c \\6=a+c \end {cases},$
$ $两式相减得$9=-3a,$解得$a=-3,$
$ $将$a=-3$代入$6=a+c,$得$6=-3+c,$解得$c=9,$
$ $所以函数表达式为$y=-3x^2+9。$
$ (2) $因为$a=-3<0,$抛物线开口向下,
当$x=0$时,这个函数有最大值,该值是$9。$