$ (1) $证明:由折叠的性质可知,$∠ AEF=∠ CEF.$
∵四边形$ABCD$是矩形,
∴$AD// BC,$
∴$∠ AFE=∠ CEF,$
∴$∠ AEF=∠ AFE,$
∴$AE=AF,$
∴$△ AEF $是等腰三角形$.$
$ (2) $解:由折叠的性质可知,$CE=AE.$设$CE=AE=x,$
则$BE=BC-CE=8-x.$
∵四边形$ABCD$是矩形,
∴$∠ B=90°,$$AD=BC=8,$
∴在$Rt△ ABE$中,$AB^2+BE^2=AE^2,$即$4^2+(8-x)^2=x^2,$
$ $解得$x=5,$
∴$AE=5,$
∴$AF=5,$
∴$FD=AD-AF=8-5=3.$