解:$(1)$四边形$BPEF $是平行四边形$.$
理由如下:如答图①,过点$E$作$EH⊥ BC,$交$BC$的延长线于点$H.$
∵将$AP{绕点}P $顺时针旋转$90°$得$PE,$
∴$AP=PE,$$∠ APE=90°.$
∵四边形$ABCD$是正方形,
∴$AB=BC,$$∠ ABC=∠ BCD=90°.$
∵$EH⊥ BC,$
∴$∠ ABC=∠ APE=∠ H=90°,$
∴$∠ BAP+∠ BPA=90°=∠ HPE+∠ APB,$
∴$∠ BAP=∠ EPH,$
∴$△ ABP≌△ PHE,$
∴$AB=PH,$
∴$AB=BC=PH,$
∴$BP=CH.$
∵$EF⊥ CD,$$∠ DCH=∠ H=90°,$
∴四边形$EFCH$是矩形,
∴$EF// CH,$$EF=CH,$
∴$EF// BC,$$EF=BP,$
∴四边形$BPEF $是平行四边形$.$

$ (2)MN$的长度不变$.$如答图$②,$连接$BD,$$BE.$
∵四边形$BFEP $是平行四边形,
∴$FP $与$BE$互相平分$.$
∵$M$是$FP $的中点,
∴$M$是$BE$的中点,
又∵$N$是$DE$的中点,
∴$MN=\frac {1}{2}BD,$
∵$AB=2=AD,$
∴$BD=2\sqrt {2},$
∴$MN=\sqrt {2}.$