$ (1)$证明:
∵四边形$ABCD$是长方形,
∴$∠ D=∠ C=∠ B=∠ DAB=90°,$$AD=BC。$
∴$∠ DAF+∠ EAF=90°。$
由折叠,得$∠ FAB'=∠ C=90°,$$∠ B'=∠ B=90°,$$AB'=CB。$
∴$AD=AB',$$∠ D=∠ B',$$∠ B'AE+∠ EAF=90°。$
∴$∠ DAF=∠ B'AE。$
$ $在$△ ADF $和$△ AB'E$中,
$ \begin {cases}∠ D=∠ B', \\AD=AB', \\∠ DAF=∠ B'AE,\end {cases}$
∴$△ ADF≌△ AB'E$
$ (2)$解:由折叠,得$AF=CF。$
设$AF=CF=x,$则$DF=DC-CF=18-x。$
$ $在$Rt△ ADF_{中},$$AD^2+DF^2=AF^2,$
∴$12^2+(18-x)^2=x^2,$解得$x=13。$∴$AF=13。$
∵$△ ADF≌△ AB'E,$∴$AF=AE=13。$
∴$S_{△ AEF}=\frac {1}{2}AE· AD=\frac {1}{2}×13×12=78$