证明:$(1)$∵四边形$ABCD$为菱形,
∴$AB=AD$,$∠ B=∠ D$。
又∵$AE⊥ BC$,$AF⊥ CD$,
∴$∠ AEB=∠ AFD=90°$。
$ $在$△ AEB$和$△ AFD$中,
$ \begin {cases}∠ AEB=∠ AFD\\∠ B=∠ D\\AB=AD\end {cases}$
∴$△ AEB≌△ AFD(\mathrm {AAS})$,
∴$AE=AF$。
$ (2) $∵四边形$ABCD$为菱形,
∴$∠ B+∠ BAD=180°$。
∵$∠ B=60°$,
∴$∠ BAD=120°$。
又∵$∠ AEB=90°$,$∠ B=60°$,
∴$∠ BAE=30°$。
$ $由$ (1)$知$△ AEB≌△ AFD$,
∴$∠ BAE=∠ DAF=30°$,
∴$∠ EAF=120°-30°-30°=60°$。
∵$AE=AF$,
∴$△ AEF $是等边三角形,
∴$∠ AEF=60°$。