$ (1) $证明:∵$AB⊥ AC,$∴$∠ BAC=90°。$
∵$E$为$BC$的中点,
∴$AE=BE=EC。$
∵$EF⊥ AC,$
∴$EF $垂直平分$AC,$
∴$AG=GC。$
∵四边形$ABCD$是平行四边形,
∴$AD// BC,$
∴$∠ DAC=∠ ACB。$
又∵$∠ AGF=∠ CGE,$
∴$△ AGF≌△ CGE。$
$ (2) $证明:∵$△ AGF≌△ CGE,$
∴$AF=CE。$
又∵$AF// CE,$
∴四边形$AECF $是平行四边形。
∵$EF⊥ AC,$
∴四边形$AECF $是菱形。