解:
$ (1) $已知抛物线$y=ax^2+bx(a≠0)$经过点$(4,0),$
代入得:$16a+4b=0,$化简得$4a+b=0,$即$b=-4a。$
$ $抛物线对称轴为直线$x=-\frac {b}{2a}=-\frac {-4a}{2a}=2,$
即对称轴是直线$x=2。$
$ (2) $当$a=\frac {1}{2}$时,
由$(1)$得$b=-4×\frac {1}{2}=-2,$
则抛物线表达式为$y=\frac {1}{2}x^2-2x。$
$ $设$x_{1}=x_{2}=t(t≠0),$
则$y_{1}=\frac {1}{2}t^2-2t,$$y_{2}=t^2-2t。$
$ y_{1}-y_{2}=\frac {1}{2}t^2-2t-(t^2-2t)=-\frac {1}{2}t^2,$
$ $因为$t≠0,$
所以$-\frac {1}{2}t^2<0,$
即$y_{1}<y_{2}。$