$ (1) $证明:
∵四边形$ABCD$是正方形,
∴$AB=BC,$$∠ ABP=∠ CBP=45°。$
$ $在$△ ABP $和$△ CBP_{中},$
$ \begin {cases}AB=BC \\∠ ABP=∠ CBP \\BP=BP\end {cases}$
∴$△ ABP≌△ CBP(\mathrm {SAS}),$
∴$PA=PC。$
又∵$PE=PA,$
∴$PC=PE。$
$ (2) $解:
$ $由$(1)$知$△ ABP≌△ CBP,$则$∠ BAP=∠ BCP。$
∵$PE=PA,$
∴$∠ PAE=∠ PEA。$
∵$∠ BAP+∠ PAE=90°,$
∴$∠ BCP+∠ PEA=90°。$
∵$∠ PEA+∠ PFD=90°,$$∠ PFD=∠ CFE,$
∴$∠ BCP+∠ CFE=90°,$
∴$∠ CPE=90°。$