解$: (1)$如图$1, $过点$C$作$CG⊥y$轴于点$G$
∴$∠CGB=∠AOB=90°$
∵四边形$ABCD$是正方形
∴$BC=AB,∠ABC=90°$
∴$∠ABO+∠CBG=∠ABO+∠BAO$
∴$∠CBG=∠BAO$
在$△CBG $与$△BAO$中
$\begin {cases} ∠CBG=∠BAO\\∠BGC=∠AOB\\CB=AB\end {cases}$
∵$△ CBG≌ △ BAO(\mathrm {AAS})$
∵$A(3,0), B(0,a)(-3 < a < 0)$
∴$OA=3, OB=-a$
∵$BG=OA=3, CG=BO=-a$
∴$OG=BG-OB=3+a$
∴$C(a, 3+a)$
∵$ $点$E$与点$A$关于$y$轴对称
∴$E(-3, 0)$
设直线$EF $函数关系式为$y=kx+b$
∴$\begin {cases} -3k+b=0 \\ak+b=3+a \end {cases}$
解得:$\begin {cases} k=1 \\b=3 \end {cases}$
∴$ $直线$EF $函数关系式为:$y=x+3$
$(2)CE=\sqrt {2}DF,$理由如下:
如图$2,$过点$C$作$CP⊥ x$轴于点$P,$过点$C$作$CH⊥ y$轴于点$G,$过点$D$作$DH⊥ CH$于点$H,$
∵四边形$DFGH$是矩形,$△ CDH≌△ BCG$
∴$CH=BG=3,$
∵$E(-3,0),$$C(a,3+a)$
∴$CG=-a,$$CP=3+a$
∴$FD=GH=CH-CG=3-(-a)=3+a$
∵$x=0$时,$y=x+3=3$
∴$F(0,3),$$OE=OF$
∵$PC=3+a,$$EP=OE-OP=3-(-a)=3+a$
∴$CE=\sqrt {PC^2+EP^2}=\sqrt {2}(3+a)$
∴$CE=\sqrt {2}DF$