解:$(1) $∵$O$是$AC$的中点,$EF⊥ AC$,
∴$EF $是$AC$的垂直平分线,
∴$FA=FC$,$EA=EC$,$OA=OC$。
∵四边形$ABCD$是矩形,
∴$AD// BC$,
∴$∠ FAO=∠ ECO$。
$ $在$△ AOF $和$△ COE$中,
$ \begin {cases} ∠ FAO=∠ ECO, \\OA=OC, \\∠ AOF=∠ COE=90°, \end {cases}$
∴$△ AOF≌△ COE(\mathrm {ASA})$,
∴$FA=EC$,
∴$AE=EC=CF=FA$,
∴四边形$AECF $为菱形。
$ (2)$设$AE=CE=x$,则$BE=8-x$。
∵四边形$ABCD$是矩形,
∴$∠ B=90°$。
$ $在$Rt△ ABE$中,
由勾股定理得$AB^2+BE^2=AE^2$,
即$6^2+(8-x)^2=x^2$,
$ $解得$x=\frac {25}{4}$,
$ $即菱形$AECF $的边长为$\frac {25}{4}$。