解:$(1) $∵四边形$ABCD$是矩形,
∴$∠ B=90°$,
∴$AC=\sqrt {AB^2+BC^2}=\sqrt {3^2+4^2}=5$。
由矩形旋转可知$CB=CF=4$,
∴$AF=AC-CF=5-4=1$。
$ (2) $如图$①$,过点$C$作$CH⊥ BD$于点$H$。
$ $在$Rt△ BDC$中,$BD=\sqrt {BC^2+CD^2}=5$,
由矩形旋转可知$CB=CF$,
∵$CH⊥ BD$,
∴$BH=FH=\frac {1}{2}BF$。
∵$S_{△ BDC}=\frac {1}{2}BD· CH=\frac {1}{2}BC· CD$,
∴$CH=\frac {12}{5}$,
∴$BH=\sqrt {BC^2-CH^2}=\frac {16}{5}$,
∴$BF=2BH=\frac {32}{5}$,
∴$DF=BF-BD=\frac {7}{5}$,
∴$S_{△ CDF}=\frac {1}{2}DF· CH=\frac {1}{2}×\frac {7}{5}×\frac {12}{5}=\frac {42}{25}$。