解:$(2)$∵$x>0$,$y=\frac {x}{x^2-2x+9}=\frac {1}{x+\frac {9}{x}-2}$,
∵$x+\frac {9}{x}≥2\sqrt {x·\frac {9}{x}}=6$,
当且仅当$x=\frac {9}{x}$,即$x=3$时取等号,
∴$x+\frac {9}{x}-2≥4$,
∴$y≤\frac {1}{4}$,
$ $即当$x=3$时,函数取到最大值$\frac {1}{4}$。
$ (3) $设$AO=m$,$CO=n$,点$D$到$AC$的距离
为$a$,点$B$到$AC$的距离为$b$,
$ $则$S_{△ BOC}=\frac {1}{2}bn=9$,得$b=\frac {18}{n}$;
$ S_{△ AOD}=\frac {1}{2}am=25$,得$a=\frac {50}{m}$。
$S_{四边形ABCD}=9+25+\frac {1}{2}bm+\frac {1}{2}an$
$=34+\frac {9m}{n}+\frac {25n}{m} $
$≥34+2\sqrt {\frac {9m}{n}·\frac {25n}{m}} $
$=34+30 $
$=64 $
$ $当且仅当$\frac {9m}{n}=\frac {25n}{m}$时取等号,
$ $故四边形$ABCD$面积的最小值为$64$。