解:$(1)$连接$OC$,$OD$。
$ $因为$M$是$CD$的中点,$CD=12$,
所以$CM=\frac {1}{2}CD=6$。
$ $又$OC=OD$,
所以$OM⊥ CD$,即$∠ OMC=90°$。
$ $在$Rt△ OMC$中,$OC=\sqrt {OM^2+CM^2}=\sqrt {3^2+6^2}=3\sqrt {5}$。
$ $故$\odot O$的半径为$3\sqrt {5}$。
$ (2) $证明:连接$AC$,延长$AF_{交}BD$于点$G$。
$ $因为$AB⊥ CD$,$CE=EF$,
所以$AB$垂直平分$CF$,
因此$AC=AF$,可得$∠ CAE=∠ FAE$。
$ $由圆周角定理得$∠ BDC=∠ CAE$,
因此$∠ BDC=∠ FAE$。
$ $在$△ DFG $和$△ AFE$中,$∠ BDC+∠ DFG+∠ DGF=180°$,
$∠ FAE+∠ AFE+∠ AEF=180°$,
$ $又$∠ DFG=∠ AFE$,$∠ AEF=90°$,
因此$∠ DGF=∠ AEF=90°$,
即$AF⊥ BD$。